今作からの新主人公。アクセルバレットによる連射攻撃が主になるが、今作では手動連射で尚且つ
エックスのエックスバスターと連射力があまり変わらない上にチャージショットが撃てないため
「劣化エックス」などと呼ばれてしまうこともあるが、ボスを倒していけば独自の銃を手に入れることが出来たり
無敵回避技のローリングや移動手段のホバリングなどが存在するため、それなりには差別化は出来ている。
ローリングは敵の衝撃波や追尾弾に対して突っ込みながら回避が可能というアクセルにしか出来ない回避手段。
独自の銃は貫通性能の高いレイガンやリーチは短いものの一発の威力がチャージショット並みに高いGランチャーが強力で
この2つがあると他の2人よりかなりスピーディにステージ攻略することが可能になる。この銃で使用できる特殊武器も威力が高めなのもポイントだ。
ただし目玉のコピー能力はコピーショットにチャージが必要な上に威力が低いため使いづらく
コピー能力も一部を除くあまり強くなく(ラジオタワーのバウンディングはそこそこ使える)、エネルギーもすぐ無くなってしまうので微妙な印象を受ける。
アクセルがキャラとしての一つの完成系を見るのは次回作になる。

前作からかなりの仕様変更をされたゼロ。まずセイバーの振り速度がかなり遅くなっている点が目に付くだろう。
これによりセイバーによる連続攻撃を決める爽快感は薄れている。チップ取得によって振る回数を増やせるがあまり意味はない。
しかしだからといって弱体化したわけではなく、一段目の斬りから非常に攻撃力が高くなっているため一段目を振り続けていれば強い。
ラーニング技は相変わらず威力が高めな上、今作では何かと遠距離をカバー出来るものが多いため非常に強力。更にボス戦ではエックスやアクセルの
特殊武器はエネルギー切れを起こしやすいのに対して、ゼロはエネルギーを消費しないためパターン化出来るボスに対してはかなり有利である。
セイバーの振りが遅くなったことで弱体化したと誤解を受けがちだが、かなりいびつな調整ではあるものの今作でもかなり強いので
アクセルと2人の序盤からエックス加入後の終盤にかけて常にプレイヤーキャラとして常駐することになる。

8ボスをすべて撃破するか要救助者を64名救助することで使用可能になる。
X5,6と抑え目に設定されていたチャージショットの威力が増大し、それ自体は爽快感があり
非常に使いやすくなった半面、あまりの手軽さに特殊武器の存在ばかりか新主人公アクセルの存在すら霞んでしまうことに。
(もちろん特殊武器もアクセルも使いこなせばかなり強いが)
アーマーパーツはX4までの一箇所ずつパーツを装着していく方式に戻った。
各パーツの性能はかなり凡庸だが、この方式に戻したこととプレイヤーチェンジシステムを両立させることを考えると
これくらいの性能が妥当であると言える(フル装備エックスが強くなりすぎるか初期エックスが弱くなりすぎてしまう)

パーツ	機能	入手ステージ名	必須要素	解説
フットパーツ	グライド飛行	ディープフォレスト	なし	終盤のエイプストンが縦に2体配置されている箇所の左上。 エイプストンを破壊せず足場として使う。
アームパーツ	チャージショット性能UP 特殊武器チャージ	コンビナート	なし	前半ステージ、2体目のドラゴンブラスターの左下。
ヘッドパーツ	アイテム吸着範囲UP	サイバーフィールド	なし	後半ステージ、終盤の壁を通り抜けるムシャロイドの手前にある小さいオレンジ床から下へ。 (奥のオレンジ床から下がると戻れなくなるので注意。)その後右へ進み大きなオレンジ床から上へ上がったところ。
ボディパーツ	被ダメージ1/2 のけ反り防止 ギガクラッシュ	エアフォース	なし	後半ステージ、終盤の前左右で分岐する箇所の左のルート奥。

与えられる威力はボスによってまちまち。しかしほとんどのボスに対して威力がないばかりか、
弱点武器モーションの無敵時間のせいで武器の連続ヒットする機会が損なわれるものが多く存在し、
逆に当てて怯むことすらもないボスもいたりと弱点武器の意味がないボスが多いのが特徴。
一部ボス除いて弱点武器は使用せず、通常攻撃やボルトルネード、チャージスプラッシュレーザー、
エクスプロージョン、飛影刃、破断撃等で攻撃していったほうが良い。

ボス		アクセル・エックス	ゼロ
ソルジャー・ストンコング		エクスプロージョン	破断撃
ウインド・カラスティング		スナイプミサイル	飛影刃
スナイプ・アリクイック		ムービンホイール	斬光輪
ヘルライド・イノブスキー		サークルブレイズ	爆炎陣
フレイム・ハイエナード		スプラッシュレーザー	水烈閃
バニシング・ガンガルン		ウインドカッター	双燕舞
トルネード・デボニオン		ガイアシールド	獄門剣
スプラッシュ・ウオフライ		ボルトルネード	雷神昇
モルボーラ		スナイプミサイル	飛影刃
レッド		エクスプロージョン	破断撃
シグマ（第一形態）		ウインドカッター	双燕舞
シグマ（第二形態）		エクスプロージョン	破断撃

ディープフォレスト→ラジオタワー→バトルシップ→コンビナート→セントラルサーキット→サイバーフィールド→エアフォース→トンネルベース

アイテム回収に特に特殊武器やパーツが必要になる要素がないため攻略順は普通に弱点順でよい。
ストンコングが比較的倒しやすい上、後続のボスもゼロの弱点技でパターンにハメやすく、手に入る武器も非常に便利なためこの順がベストかと思われる。
ただし1部アイテムやレスキューでアクセルの変身能力やゼロの2段ジャンプなど各キャラの能力は必要になる箇所があるのでそこだけは注意。

ステージ名	入手に必要な要素	備考
ディープフォレスト	なし	転がる岩の地帯を抜けて、そこから6体目のエイプストンを破壊したその中。
エアフォース	なし	前半ステージ、2機目の赤い飛行機(煙を吐いている)に乗っていると見えてくる。飛行機は最後墜落するので注意。
サイバーフィールド	なし	後半ステージ序盤の小さいオレンジ床が二つ並んだ地帯。ステージ開始から2つ目のオレンジ床から下へ進みその後左へ。
セントラルサーキット	なし	ジャンプ台後の電撃床のある地帯、右側の爆発物の後ろに置いてある。
コンビナート	なし	後半ステージ、初めて遭遇する毒ガスの出るパイプの上に置いてある。
トンネルベース	なし	終盤のライドアーマーを破壊して進む大広間の柱の上に置いてある。
ラジオタワー	なし	後半ステージ、4つ目の消える足場の中。
バトルシップ	なし	3隻目の炎上しているシップのコンテナの裏側に置いてある。

ステージボス名	入手に必要な要素	備考
トンネルベース	なし	終盤のライドアーマーを破壊して進む大広間の柱の上に置いてある。
バトルシップ	なし	2隻目のシップ、ウォールブラスターの後のコンテナの裏側に置いてある。

ステージボス名	入手に必要な要素	備考
セントラルサーキット	なし	2つ目コーナーを曲がった先、青いコンテナが複数置いてあるところの左端。

ステージボス名	入手に必要な要素	備考
ディープフォレスト	2段ジャンプ	1番最後のエイプストンの左上。エイプストンの頭からゼロの2段ジャンプで入手。